System rachunków zdrowia jest stosunkowo nowym narzędziem porównań wydatków na ochronę zdrowia, które ujmuje je w sposób wszechstronny, zapewniający porównywalność w skali międzynarodowej. Prace nad wdrożeniem metodologii rachunków zdrowia w Polsce zostały podjęte przez zespół ekspertów pod kierownictwem Ministerstwa Zdrowia w 2001 r., a od 2004 są prowadzone w Głównym Urzędzie Statystycznym w ścisłej współpracy z instytucjami, które gromadzą dane o wydatkach na ochronę zdrowia: tj. Ministerstwem Zdrowia, Narodowym Funduszem Zdrowia, Zakładem Ubezpieczeń Społecznych, Kasą Rolniczego Ubezpieczenia Społecznego, Ministerstwem Spraw Wewnętrznych i Administracji, Ministerstwem Obrony Narodowej, Ministerstwem Sprawiedliwości, Ministerstwem Pracy i Polityki Społecznej, Ministerstwem Finansów.