Prezes GUS realizuje swoje zadania przy pomocy Kierownictwa Głównego Urzędu Statystycznego. W skład Kierownictwa Urzędu wchodzą: Prezes GUS, wiceprezesi, Dyrektor Generalny. Wiceprezesi są odpowiedzialni za realizację zadań powierzonych przez Prezesa GUS i sprawują bezpośredni nadzór nad pracą departamentów i jednostek podporządkowanych Prezesowi GUS.

Przy Prezesie Głównego Urzędu Statystycznego działa, jako organ opiniodawczo-doradczy, Kolegium GUS.

W skład Kolegium wchodzą:

• Prezes GUS;
• wiceprezesi;
• Dyrektor Generalny;
• dyrektorzy i zastępcy dyrektorów departamentów;
• główny księgowy resortu;
• dyrektorzy urzędów statystycznych;
• dyrektorzy jednostek podporządkowanych Prezesowi GUS. 

Kolegium rozpatruje projekty wieloletnich programów rozwoju statystyki oraz rocznych programów badań statystycznych statystyki publicznej i inne sprawy o zasadniczym znaczeniu dla prac GUS.

Posiedzenia Kolegium zwołuje Prezes GUS.

Roboczą formą prac Kolegium są posiedzenia jego Prezydium w składzie: Prezes GUS, wiceprezesi, Dyrektor Generalny, dyrektor Gabinetu Prezesa, dyrektor Departamentu Programowania i Koordynacji Badań, dyrektor Departamentu Metodologii, Standardów i Rejestrów, dyrektor Departamentu Analiz i Opracowań Zbiorczych, dyrektor Departamentu Studiów Makroekonomicznych i Finansów, dyrektor Departamentu Rachunków Narodowych, dyrektor Departamentu Informacji, dyrektor Departamentu Współpracy Międzynarodowej, główny księgowy resortu. Członkami Prezydium Kolegium GUS są również: dyrektor Centum Informatyki Statystycznej, wskazany przez Prezesa GUS dyrektor urzędu statystycznego.

Na posiedzenia Prezydium Kolegium są zapraszani stale lub doraźnie doradcy Prezesa GUS, przedstawiciele departamentów, urzędów statystycznych, jednostek podporządkowanych Prezesowi GUS oraz eksperci.

Prezydium Kolegium wyraża opinie w sprawach skierowanych do rozpatrzenia przez Prezesa GUS.

Na posiedzenia Prezydium Kolegium, których tematem są sprawy pracownicze, warunki pracy i płacy oraz socjalno-bytowe, są zapraszani przewodniczący związków zawodowych działających w GUS.

Z posiedzeń Kolegium i Prezydium Kolegium jest sporządzany protokół, w którym zamieszcza się ustalenia i decyzje podjęte przez Prezesa GUS.

Plan pracy GUS na każdy kolejny rok tworzą: program badań statystycznych statystyki publicznej - w części koordynowanej przez Prezesa GUS oraz zatwierdzone przez Prezesa GUS: plan opracowań statystycznych, plan prac metodologicznych, plan wydawniczy, plan współpracy międzynarodowej, plan działalności edukacyjnej oraz plan rozwoju infrastruktury informatycznej. 

Projekty rocznych programów i planów, według zasad i w terminach określonych odrębnie przez Prezesa GUS, opracowują i prowadzą bieżącą kontrolę przebiegu prac ujętych w tych programach i planach odpowiednio w zakresie:

• programu badań statystycznych statystyki pulicznej i planu opracowań statystycznych - Departament Programowania i Koordynacji Badań,
• planu prac metodologicznych - Departament Metodologii, Standardów i Rejestrów,
• planu wydawniczego - Departament Informacji,
• planu współpracy międzynarodowej - Departament Współpracy Międzynarodowej,
• planu rozwoju infrastruktury informatycznej - Centrum Informatyki Statystycznej we współpracy z Gabinetem Prezesa.

Departament Programowania i Koordynacji Badań oraz Departament Informacji przedstawiają Prezesowi co miesiąc, w terminie do 25 dnia następnego miesiąca, odpowiednio informację o przebiegu wykonania programu badań statystycznych statystyki publicznej i planu opracowań statystycznych oraz planu wydawniczego.

Podstawowymi sposobami informowania o podjętych decyzjach Prezesa GUS, wiceprezesów i Dyrektora Generalnego są:

1. Zarządzenia, zarządzenia wewnętrzne oraz zasady i wytyczne zatwierdzone przez Prezesa GUS.
2. Protokoły z posiedzeń Kolegium i Prezydium Kolegium.
3. Pisemne lub ustne decyzje, polecenia i wytyczne Prezesa GUS oraz wiceprezesów i Dyrektora Generalnego w poszczególnych sprawach, w tym na wpływającej do GUS korespondencji.
4. Ustalenia z narad przekazywane zainteresowanym na piśmie przez dyrektora Gabinetu Prezesa.
5. Polecenia i pisemne wytyczne członków Kierownictwa Urzędu adresowane do nadzorowanych departamentów oraz polecenia Prezesa GUS adresowane do jednostek podległych Prezesowi GUS.
6. Zarządzenia Dyrektora Generalnego oraz polecenia adresowane do departamentów.

Dyrektor departamentu organizuje przepływ informacji, o których mowa powyżej, zapewniając pracownikom zapoznanie się z ich treścią oraz odpowiada za terminowe i należyte wykonanie decyzji.

Projekty aktów normatywnych wydawanych przez Prezesa GUS opracowuje na podstawie materiałów przygotowanych przez departamenty, Gabinet Prezesa i  przedstawia Prezesowi GUS do podpisu po uzyskaniu akceptacji nadzorującego członka Kierownictwa Urzędu. 

Stanowisko w sprawie przekazanych do GUS do zaopiniowania projektów aktów normatywnych i innych materiałów rządowych opracowuje i przedstawia Prezesowi GUS do podpisu dyrektor Gabinetu Prezesa na podstawie uwag i opinii zebranych od departamentów GUS oraz jednostek podporządkowanych Prezesowi GUS, po zaopiniowaniu co do zgodności z obowiązującymi przepisami oraz po uzyskaniu akceptacji nadzorującego członka Kierownictwa Urzędu.

Departamenty, do których skierowany został projekt aktu normatywnego do uzgodnień w trybie roboczym albo przekazana została propozycja interpretacji przepisów dotyczących statystyki, swoje stanowisko do projektu uzgadniają, po uzyskaniu akceptacji nadzorującego członka Kierownictwa Urzędu, z dyrektorem Gabinetu Prezesa przed jego przekazaniem na zewnątrz, z wyłączeniem projektów aktów prawnych Uniii Europejskiej.

W przypadkach, gdy projekty aktów normatywnych przewidują nałożenie obowiązków na Prezesa GUS, stanowisko departamentu - przed przekazaniem go do dyrektora Gabinetu Prezesa - dyrektor departamentu uzgadnia z nadzorującym członkiem Kierownictwa Urzędu.

Nadesłane do GUS akty normatywne gromadzi i udostępnia zainteresowanym Gabinet Prezesa.

Informacje o obowiązkach nałożonych na Prezesa GUS aktami normatywnymi przedstawia Prezesowi GUS dyrektor Gabinetu Prezesa, po uprzednim uzgodnieniu z nadzorującym członkiem Kierownictwa Urzędu odpowiedzialnym za ich realizację. 

Departamenty wykonują - w terminach wskazanych przez nadzorującego członkach Kierownictwa Urzędu - zadania przekazywane na bieżąco oraz przygotowują projekty odpowiedzi lub udzielają odpowiedzi na wystąpienia kierowane do GUS z zewnątrz bez uzasadnionej zwłoki, a w sprawach szczególnie złożonych, jeżeli termin nie wynika z pisma lub przepisów, nie później niż w ciągu  miesiąca od daty wpływu. Organizacja i kontrola wykonania tych zadań należy do dyrektorów departamentów.